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沈锡辉/刘双江/李德峰等Nature子刊：肠道病原菌"窃听"真菌信号，启动T6SS抗真菌武器Nature Microbiology——[19.4]
① 肠道菌群跨界互作研究：本研究以肠道病原菌假结核耶尔森氏菌（Yptb）与共生真菌白色念珠菌为对象，通过多组学及小鼠感染模型解析细菌与真菌的竞争机制。② 核心发现：Yptb能通过“窃听”真菌分泌的群体感应分子酪醇（Tyrosol），激活其VI型分泌系统T6SS4以清除真菌竞争者。③ 抗真菌效应子的鉴定：筛选证实T6SS4分泌的效应蛋白TfeC是一种新型几丁质酶，能特异性降解真菌细胞壁的核心成分几丁质，从而导致真菌死亡。④ 效应蛋白的结构特征：结构生物学分析显示TfeC具有独特的TIM桶状结构，属于糖苷水解酶18（GH18）家族的新分支，通过裂解几丁质产生寡糖来破坏细胞壁。⑤ 分子信号转导通路：实验确证细菌的双组分系统EnvZ-OmpR是酪醇的特异性受体，EnvZ直接结合酪醇后磷酸化OmpR，进而启动抗真菌系统的转录表达。⑥ 重塑肠道微生态环境：体内实验表明Yptb利用TfeC杀灭肠道内的子囊菌门真菌（如白色念珠菌），显著改变菌群结构并提升其在宿主肠道的定殖能力。⑦ 机制的普适性与意义：EnvZ同源蛋白在多种细菌中高度保守且均能感知酪醇，揭示了一种广泛存在的细菌利用真菌信号进行跨界竞争的生存策略。
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Interkingdom sensing of fungal tyrosol promotes bacterial antifungal T6SS activity in the murine gut
2025-12-05 , doi: 10.1038/s41564-025-02208-z
李帅成等：用结构熵解码肠道菌群，功能冗余层级网络揭示健康与疾病的深层逻辑Microbiome——[12.7]
① 构建功能冗余分析新框架：本研究针对现有方法难以量化肠道微生物组功能冗余（FR）层级性的难题，开发了基于基因组内容网络与结构熵（SE）的个性化分析方法。② 核心成果：该方法被证实比传统指标更具灵敏度和稳健性，能有效解析健康与疾病状态下微生物组的内在功能架构及稳定性。③ 多中心结构维持健康稳态：健康个体的个性化FR网络呈现多中心拓扑结构，而非酒精性脂肪性肝炎（NASH）患者则退化为不稳定的单中心结构。④ 特定功能簇阻碍菌群定植：涉及维生素K和B2合成的功能冗余簇（FRC）与粪菌移植（FMT）的定植效率呈负相关，表明高功能冗余可能构成外源菌群定植的屏障。⑤ 疗效预测与疾病标志物：产短链脂肪酸（SCFA）的特定功能簇不仅能预测肺癌患者的免疫治疗（ICI）响应，还是炎症性肠病（IBD）等多种疾病通用的健康标志物。⑥ 关键物种主导系统弹性：模拟实验证实FR关键物种及其所在的簇在维持系统功能稳定性中发挥决定性作用，且SE变化是导致疾病表型改变的因果因素之一。
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Deciphering the personalized functional redundancy hierarchy in the gut microbiome
2025-12-04 , doi: 10.1186/s40168-025-02273-w
沈琳等Lancet子刊：高效低毒，Glecirasib联合西妥昔单抗治疗KRAS肠癌数据发布Lancet Gastroenterology & Hepatology——[38.6]
① 研究设计与对象：这项研究汇总了两项开放标签非随机I/II期临床试验数据，旨在评估新型KRAS G12C抑制剂glecirasib单药或联合西妥昔单抗（抗EGFR抗体）治疗既往经治的KRAS G12C突变局部晚期或转移性结直肠癌患者的疗效与安全性。② 总体疗效：glecirasib无论是单药还是联合西妥昔单抗，均在目标患者群体中展现出临床获益以及良好的耐受性和安全性，且联合治疗有效提升疗效。③ 关键疗效数据：glecirasib单药组客观缓解率（ORR）为23%且中位无进展生存期（PFS）为5.6个月，联合治疗组ORR提升至50%且中位PFS延长至6.9个月，中位总生存期达19.3个月。④ 安全性特征分析：推荐剂量下的安全性分析显示，两组3级及以上治疗相关不良事件（TRAE）发生率约为20%，常见副作用为贫血和胆红素升高或皮疹，且恶心和腹泻等胃肠道毒性发生率低于同类已获批的KRAS抑制剂。⑤ 临床意义与展望：综合对比现有标准疗法，该研究证实联合方案克服耐药性的优势，支持开展III期随机对照试验以确证其疗效，并探索将glecirasib联合疗法推进至更早线治疗的可能性。
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Glecirasib with or without cetuximab in previously treated locally advanced or metastatic colorectal cancer with KRASG12C mutation (JAB-21822-1002 and JAB-21822-1007): two open-label, non-randomised phase 1/2 trials
2025-12-01 , doi: 10.1016/S2468-1253(25)00267-5
彭亮/孟化/王君等NC：肠道MUC1失守加剧脂肪肝，截短突变体或是护肝新策略Nature Communications——[15.7]
① 研究背景与对象：本研究利用临床样本分析及基因工程小鼠模型，探究肠道黏蛋白1（MUC1）缺乏在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）进展中的关键作用及分子机制。② 核心发现：高脂饮食会导致肠上皮MUC1糖基化水平降低，进而引发其降解和丢失，破坏肠上皮屏障完整性，最终加剧肝脏脂肪变性与损伤。③ 临床相关性分析：MASLD患者及高脂饮食（HFD）小鼠的结肠组织中，MUC1蛋白表达量及其糖基化程度显著下降，且与体重指数及血清转氨酶等肝损伤指标呈负相关。④ 分子机制解析：HFD导致MUC1去糖基化，这触发了网格蛋白（Clathrin）介导的内吞作用，随后被E3泛素连接酶NEDD4通过K63泛素化修饰，送至溶酶体进行降解。⑤ 下游通路影响：肠上皮MUC1的缺失促进了β-连环蛋白的磷酸化与蛋白酶体降解，导致细胞间黏附连接破坏，增加了肠道通透性和内毒素移位。⑥ 治疗策略探索：肠上皮特异性过表达胞质尾区缺失的MUC1突变体（MUC1ΔCT），能有效抵抗内吞降解并维持β-连环蛋白水平，从而恢复肠道屏障功能并缓解MASLD进展。
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Lack of intestinal Mucin-1 impairs intestinal epithelial barrier and promotes metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease in male mice
2025-12-05 , doi: 10.1038/s41467-025-67034-7
宛新建/石岩等：ETV1操控Slc7a5，为IBD致病T细胞输送氨基酸燃料Advanced Science——[14.1]
① 研究背景与设计：本研究结合临床样本、基因敲除小鼠及药理抑制剂，解析炎症性肠病（IBD）中CD4+ T细胞致病性的关键转录调控机制。② 核心发现概述：转录因子ETV1在IBD中显著上调，并通过激活Slc7a5介导的氨基酸代谢驱动T细胞致病性，阻断该通路可显著改善结肠炎。③ 临床相关性：ETV1在IBD患者炎性黏膜及CD4+ T细胞中显著高表达，且其表达水平与疾病活动指数及内镜评分呈显著正相关。④ 分子机制解析：ETV1通过直接结合氨基酸转运蛋白Slc7a5启动子促进其转录，增强氨基酸摄取以支持T细胞增殖和Th17分化。⑤ 功能验证：Etv1缺失可减轻小鼠结肠炎，而过表达Slc7a5可逆转Etv1缺陷导致的代谢障碍，恢复T细胞致病性，证实Slc7a5是其关键下游靶点。⑥ 药物转化潜力：利用小分子抑制剂BRD32048靶向ETV1或JPH203靶向Slc7a5，均能抑制人或小鼠致病性T细胞功能，有效缓解结肠炎症状。⑦ 总结与展望：本研究确立了ETV1-Slc7a5轴是驱动IBD中T细胞致病性的关键免疫代谢通路，为开发IBD新疗法提供了理论依据。
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ETV1 Drives CD4+ T Cell-Mediated Intestinal Inflammation in Inflammatory Bowel Disease Through Amino Acid Transporter Slc7a5
2025-12-05 , doi: 10.1002/advs.202511595
Nature子刊：覆盖41国，全近完整肠菌基因组目录HRGM2还原菌群代谢网络Nature Microbiology——[19.4]
① 构建全球肠道基因组目录：针对现有数据库基因组质量不足及地理代表性偏差问题，本研究整合全球41国宏基因组数据，构建了仅包含近完整基因组的人类参考肠道微生物组（HRGM2）目录。② 提升物种多样性与覆盖度：HRGM2包含4,824个原核生物物种的15.5万个非冗余基因组，物种多样性较统一人类胃肠道基因组（UHGG）提升50%，并首次揭示了隐微菌门和螺旋体门在非洲人群中的特异性富集。③ 优化物种分类鉴定：对比分析表明，在处理高物种复杂度的样本时，基于全基因组序列的分类方法在精确度上优于基于标记基因的方法，能有效减少假阳性并显著提升分类准确率。④ 增强代谢功能预测：中等质量基因组常因丢失核心代谢模块导致功能预测假阴性，而仅使用近完整基因组构建的基因组尺度代谢模型（GEMs）能更准确地还原微生物代谢网络。⑤ 疾病相关代谢互作：基于GEMs的代谢互作分析发现，克罗恩病相关菌群倾向于通过代谢物交换（如氨基酸）进行协作，而结直肠癌相关菌群则主要因争夺营养资源表现出强烈的竞争关系。⑥ 局限与改进方向：尽管HRGM2显著提升了基因组质量，但其中包含全套rRNA和tRNA的高质量基因组比例仅为4.7%，未来仍需结合长读长测序技术，并进一步扩大欠发达地区的样本采样。
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A human gut metagenome-assembled genome catalogue spanning 41 countries supports genome-scale metabolic models
2025-12-04 , doi: 10.1038/s41564-025-02206-1
NC：连接饮食与菌群，54种粪便代谢物准确评估饮食习惯和心血管风险Nature Communications——[15.7]
① 研究设计：整合TwinsUK和ZOE PREDICT1两队列共2647名参与者的多组学数据，利用机器学习探究粪便代谢物作为饮食与肠道菌群交互读数的潜力。② 核心发现：粪便代谢物能精准预测饮食习惯，且在预测10年动脉粥样硬化性心血管疾病（ASCVD）风险上，显著优于得舒饮食（DASH）评分（AUC 0.86 vs 0.66）。③ 饮食预测：模型准确预测了20种食物习惯性摄入（如酒精、肉类）及7种饮食模式，其中对DASH模式的预测性能最佳（AUC=0.83）。④ 精简面板：筛选出包含54种代谢物的精简靶向面板，仅需少量特征即可维持高精度预测，具备临床应用潜力。⑤ 菌群关联：识别出414个“食物-代谢物”关联；相比血清，粪便代谢物更能敏锐反映肠道微生物的多样性与结构变化。⑥ 中介机制：中介分析揭示了“饮食-微生物-代谢物”具体路径，如Dorea菌属介导肉类摄入对次级胆汁酸水平的影响。⑦ 应用价值：粪便代谢组学作为连接饮食与菌群的功能性桥梁，为理解疾病风险及开发精准营养干预提供了新策略。
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Faecal metabolites as a readout of habitual diet capture dietary interactions with the gut microbiome
2025-12-04 , doi: 10.1038/s41467-025-66046-7
强度是关键！高强度运动通过乳酸提升肠道SCFAGut Microbes——[11]
① 研究设计与对象：本研究汇总分析三项随机对照试验，探究低量高强度间歇训练（HIGH-EX）与中等强度训练（MOD-EX）对113名肥胖代谢综合征患者肠道短链脂肪酸（SCFAs）及代谢健康的影响。② 核心发现：两种强度均改善心肺与代谢指标，但仅HIGH-EX能显著提升SCFAs水平，且增幅与乳酸浓度高度相关。③ SCFAs呈强度依赖性升高：仅HIGH-EX组总SCFAs显著增加30%（乙酸+27%、丙酸+28%、丁酸+43%），而中等强度组与对照组（CON）均无变化。④ 乳酸与代谢物强相关：训练期间血乳酸浓度与SCFAs增量呈强正相关（r=0.68），提示高强度运动产生的乳酸可能作为底物促进菌群代谢转化。⑤ 心肺代谢获益普遍存在：两组干预均显著提升最大摄氧量与肌肉力量，降低炎症及代谢综合征评分，表明中等强度运动虽未改变肠道代谢物但仍具临床价值。⑥ 饮食控制非主要因素：对照组各项指标均无改善，且各组膳食纤维摄入量保持恒定，排除了饮食因素对SCFAs结果的干扰。⑦ 意义与结论：运动强度是调节菌群代谢的关键，HIGH-EX通过“乳酸-SCFA”轴带来的额外效益使其在干预中具独特优势。
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Exercise improves gut microbial metabolites in an intensity-dependent manner: a pooled analysis of randomized controlled trials
2025-11-30 , doi: 10.1080/19490976.2025.2579354
婚姻质量影响体重？揭示社会纽带背后的脑-肠-微生物机制Gut Microbes——[11]
① 研究背景与方法：本研究采集94名参与者的多模态数据，结合功能磁共振成像、粪便代谢组学及血浆催产素检测，利用结构方程模型探究社会关系影响肥胖的脑-肠-微生物轴机制。② 核心发现：婚姻状态与感知情感支持（PES）的交互作用能通过调节催产素水平、脑部执行控制功能及肠道色氨酸代谢，进而改善饮食行为并降低肥胖风险。③ 社会关系与肥胖关联：高PES的已婚个体拥有更健康的身体质量指数（BMI）和较少的食物成瘾症状，这挑战了单纯婚姻状态影响体重的传统观点，突出了关系质量的重要性。④ 神经调控机制：高质量社会关系与左侧背外侧前额叶皮层（dlPFC）对食物线索的反应增强显著相关，这种执行控制区域的激活与催产素水平升高存在正向关联，有助于抑制食欲渴求。⑤ 肠道代谢通路：社会纽带显著改变肠道色氨酸代谢谱，特别是吡啶甲酸等代谢物的水平与PES正相关，这些代谢物参与免疫调节、神经保护及能量稳态，构成了社会环境影响生理健康的生物学基础。
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Social bonds and health: exploring the impact of social relations on oxytocin and brain-gut communication in shaping obesity
2025-12-03 , doi: 10.1080/19490976.2025.2566978
Nature Reviews：从肠道到大脑，全景解析IBD慢性腹痛的多维机制（综述）Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[51]
① 综述核心主旨：本文系统回顾了炎症性肠病（IBD）慢性腹痛的病理生理机制，指出疼痛不仅源于炎症本身，更涉及从肠道到大脑的神经可塑性改变、神经免疫互作以及微生物群和心理因素的共同驱动。② 神经解剖基础：内脏痛觉主要经由脊髓传入通路传递至中枢，而迷走神经通路更多参与调节下行抑制通路，这两条通路的信号传递失衡是导致痛觉过敏和内脏高敏感性的结构基础。③ 外周敏化机制：肠道炎症导致免疫细胞和上皮细胞释放细胞因子、神经生长因子及5-羟色胺等介质，这些介质激活神经末梢的TRPV1等离子通道，引发感觉神经元持续高兴奋，导致炎症缓解期仍有疼痛。④ 中枢敏化过程：脊髓背角的小胶质细胞与星形胶质细胞被激活后，释放粒细胞集落刺激因子（G-CSF）等信号分子促进突触易化，同时前扣带回皮层（ACC）等脑区的神经炎症进一步巩固了慢性疼痛状态。⑤ 菌群与性别影响：肠道菌群失调通过短链脂肪酸（SCFAs）、组胺及蛋白酶等代谢产物直接调控神经兴奋性，而雌激素受体在痛觉神经元上的差异表达部分解释了女性患者疼痛高发的现象。⑥ 治疗现状挑战：目前的药物治疗主要依赖阿片类药物和非甾体抗炎药（NSAIDs），但因副作用和疗效局限性面临挑战，饮食干预（如低FODMAP）和心理疗法虽有应用但证据等级尚需提升。⑦ 未来转化方向：未来的研究应致力于开发外周限制性大麻素、迷走神经刺激术及特异性离子通道阻滞剂，并结合微生物组学和心理评估，建立多维度的个性化疼痛管理策略。
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Mechanisms of chronic abdominal pain in inflammatory bowel disease and implications for treatment
2025-12-03 , doi: 10.1038/s41575-025-01139-8
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